Pendant la Deuxième Guerre mondiale,
Jean Marie Boeglin fait très jeune, à 14 ans, l’expérience de la clandestinité, en étant agent de liaison aux côtés de son père chef de santé
FTP ( Francs-tireurs et partisans ). Il travaille ensuite comme journaliste, un métier dans lequel il se trouve rapidement à l’étroit. C’est dans le champ artistique qu’il trouve sa voie, en travaillant avec Roger Planchon à la création du théâtre de la cité à Villeurbanne et comme instructeur national d’art dramatique des auberges de jeunesse.
Même s’il s’était déjà forgé une opinion sur cette guerre, notamment en couvrant en tant que journaliste le mouvement des rappelés, c’est seulement en 1958 qu’il passe à l’action clandestine. Suite à la disparition d’un étudiant algérien grenoblois, dont il découvre qu’il appartenait au
FLN Front de libération nationale, il offre spontanément ses services à ses compagnons. Voyageant souvent pour son activité professionnelle, il commence à rendre de petits services et à rencontrer les responsables algériens. Les choses s’accélèrent après le coup de filet du printemps 1959 et le démantèlement de l’organisation de la
Wilaya de Lyon. Jean-Marie Boeglin commence à mettre en place un réseau cloisonné dont le noyau central est remarquable par sa diversité. Il poursuit parallèlement une vie professionnelle intense.
Le réseau tombe en novembre 1960, infiltré par le responsable de Marseille, qui avait été retourné par la police. Jean Marie Boeglin réussit à prendre la fuite, passe en Suisse d’où il suit le procès de la Wilaya 3 en avril 1961, où il est condamné à 10 ans de prison par contumace. Il rejoint le bureau politique du FLN à Rabat en 1961 et passe la frontière algérienne le 8 août 1962, 5 mois après la proclamation de l’indépendance.
A Alger, il retrouve Mohammed Boudia qu’il avait connu en 1951 comme jeune comédien. Il travaille avec lui à la création du Théâtre National Algérien qui ouvre en 1963. Après le coup d’Etat de Houari Boumediene le 19 juin 1965, Jean Marie Boeglin prend rapidement conscience du durcissement du régime. Mohamed Boudia, qui était clairement opposé à Boumediene fuit l’Algérie.
Il est amnistié en 1966, comme les autres Français.es qui avaient aidé le FLN, mais ne rentre pas en France. Il ne supporte pas d’être gracié en même temps que les membres de l’OAS. Il rentre définitivement en 1981, après l’élection de Mitterrand, pour rejoindre Georges Lavaudant qui vient d’être nommé à la tête de la Maison de la Culture de Grenoble.