Né en septembre 1937 à Lyon, Alain Fau est marqué par l’expérience d’un oncle résistant. Lorsque débute la guerre d’indépendance algérienne, il est étudiant et prépare l’entrée dans une école d’ingénieurs chimistes. Adhérent à l’UNEF, il est conscient que c’est une guerre coloniale qui est menée en Algérie et il est favorable à son indépendance. Dans l’école d’ingénieurs où il poursuit ses études il participe à la création d’un groupe syndical pour sensibiliser les élèves mais le mouvement est peu suivi.
Lorsqu’il est appelé en 1961, après la fin de ses études, il est assez réticent à l’idée de se battre car un de ses amis d’enfance a été tué en Algérie. Il commence son service militaire à Epinal où les jeunes mobilisés sont entraînés en vue d’un départ pour l’Algérie. Il décide alors de faire l’école des sous­-officiers. Il choisit plus précisément l’école de l’administration militaire, gérée par l’ENA, ce qui le conduit à la fin de l’année 1961 à un poste de sous-lieutenant dans une SAS (Section administrative spécialisée), sur les plateaux de la région de Tlemcen, près de la frontière marocaine. La SAS est située dans une zone interdite, vidée de la population qui a été regroupée dans des camps. Il participe à l’administration de ces zones de regroupement notamment à travers des activités de recensement.
Il se rend rapidement compte que ses supérieurs attendent de lui qu’il fasse du renseignement en dénonçant les blessés du camp. Il résiste à cette injonction se contente de faire son travail et d’aider au mieux les populations qui sont dans un grave dénuement.
Après l’indépendance, en mars 1962, il est chargé de conduire les convois de réfugié.es qui reviennent de leur exil au Maroc. Femmes, enfants, bergers et troupeaux doivent passer la frontière. Même si les démineurs les précédent en créant une voie sécurisée, le passage reste très dangereux, notamment pour les bergers avec leur troupeaux. Les réfugié.es sont ensuite rassemblé.es dans un camp avant d’être autorisés à regagner des villages en ruine.
A la fin du mois de juin 1962, en retour de mission, il trouve la SAS désertée, tous les militaires l’ayant abandonnée. Avec ses propres moyens, il réussit à gagner Oran où règne la plus complète confusion, puis la France. Menacé d’être considéré comme déserteur, il est renvoyé en Algérie, à Oran où l’OAS fait régner la terreur. Il est affecté à l’administration d’une caserne où il découvre des soldats cantonnés, apeurés et désabusés.
De retour en France, il est engagé à l’usine Rhône Poulenc et est longuement interrogé par le directeur des relations humaines qui s’avère être un ancien membre de l’OAS. Il se retrouve mis à l’écart jusqu’aux accords de Grenelle de 1968. Il devient délégué syndical à la CFDT.
Lorsqu’il se fiance, il apprend que sa belle­-sœur a été très impliquée aux côtés des militants indépendantistes algériens. Elle est partie après la guerre pour faire de la coopération en Algérie et s’est mariée là-bas. Cela conduit Alain Fau à garder des liens avec l’Algérie et à y retourner à plusieurs reprises.