En 1952, âgé de 17 ans,  Jean-François participe aux cours d’alphabétisation à la demande du Père Albert Carteron. Il fréquente alors régulièrement l’appartement de ce dernier, rue Villeroy, où il se lie d’amitié avec Mohamed Bensaou qui deviendra plus tard le responsable du service social du FLN de Lyon. 
A la même époque, son père travaille à l’usine de la TASE (Textiles artificiels du Sud-Est) et milite à la CFTC (Confédération française des travailleurs chrétiens). Il habite dans la cité ouvrière qui entoure l’usine et, à la demande d’Albert Carteron, héberge un jeune couple algérien, les Gharib.
En 1954, Jean-François n’arrive pas à se faire une idée sur les « événements d’Algérie ». Appelé, en novembre 1955,  il est envoyé en Kabylie, dans une zone de combat très dure. Dès son arrivée,  à la première embuscade, son copain expire dans ses bras et il est amené à riposter. Il est ensuite confronté à tous les travers de l’action militaire en Algérie : torture, corvée de bois, massacre de femmes et d’enfants, incendie de villages.
Il rentre à Lyon au bout d’un an et demi, à l’occasion d’une permission pour raison de santé.  Il pense alors déserter, Albert Carteron l’en dissuade : cela mettrait en difficulté toute sa famille – il est l’aîné de cinq enfants et ses parents sont engagés auprès des Algérien.nes. Il se résigne à repartir  pour un an.
Bien que considéré comme peu zélé, mais apprécié de ses supérieurs, il devient chef de section et essaye de maintenir dans son unité un comportement correct. Très déçu par l’attitude de l’aumônier sur place, chez qui il ne trouve aucun soutien dans sa volonté de moraliser le comportement des hommes, il communique régulièrement avec Albert Carteron et Mohamed Bensaou. L’expérience de la guerre va cependant détacher de l’Eglise ce militant d’action catholique.
A son retour, il est traumatisé par ce qu’il a vécu en Algérie. Pourtant, au bout d’un an, il se met au service du FLN, par l’intermédiaire de son ami Mohamed Bensaou. Ainsi, à partir de 1960, choqué par la nature de la guerre sur le terrain,  il n’hésite pas à s’engager plus : il cache chez lui de l’argent, conduit clandestinement des Algériens, convoie de l’argent, mais refuse de transporter des armes.

Jean François Bourcier communique régulièrement avec le prêtre Albert Carteron racontant son expérience de la guerre sur le terrain algérien. Ce témoignage comme celui d’autres jeunes appelés est utilisé par les militant.es catholiques pour informer les Français sur la réalité du conflit. Albert Carteron lui apporte un soutien moral, politique, spirituel.
 
Lettre du 11-06-1957, à son retour en Algérie, après une permission (extrait)
Sème le bon esprit. La bonne entente. La compréhension. Laisse le dévouement et l’héroïsme aux autres. Éclaire sans cesse. Répète 100 fois les mêmes choses.
En temps de guerre, il est très difficile de juger froidement les droits de ceux qui sont en face de vous. Mais pense qu’en face de toi, il y a des gens, les mêmes gens que ceux que nous connaissons si bien en France et avec qui nous avons eu de si bonnes relations.

 Lettres d’Albert Carteron à Jean-François Bourcier 
 Lettre de la Chronique sociale du 13.03.1956, montrant l’attention aux témoignages des appelés. 
 Lettre à ses parents où il décrit les conditions de vie très dures des soldats et ses relations avec eux. 1957- 3 mois environ avant sa libération. 

Lettres de ses amis algériens de Lyon

Jean François Bourcier communique également avec ses amis algériens de Lyon, engagés pour l’indépendance : Abdelhamid Gharib, hébergé avec sa femme Hadria chez ses parents, et Mohamed Bensaou (qui signe parfois de son surnom Mao) partenaire des cours d’alphabétisation. Ce dernier deviendra plus tard le responsable du service social du FLN de Lyon.
 Lettre d’Abdelhamid Gharib
Lettres de Mohamed Bensaou